○サイべ沢遺跡
縄文時代前期初頭頃から中期末頃(約6，500年から4，000年前)にかけての大規模集落跡と考えられています。この遺跡の沢寄りの場所から、昭和24年の発掘調査により発見された円筒式土器(下層・上層)は、7つの文化層に分かれ、東北地方の円筒土器文化の型式とほとんど同―のものとなっています。遺跡は、約30へクタール程の広がりがあると推定され、内容的にも青森市の三内丸山遺跡に匹敵する可能性を秘めていると考えられます。

○戸井貝塚
津軽海峡に面した標高4～7ｍほどの緩やかな段丘上に所在する縄文時代後期初頭（約4,000年前）の貝塚です。貝層は厚いところで1ｍ以上あり、多くの骨角器や貝製装飾品などが出土しました。特に、側面に波よけ板のある丸木船を模したと思われる舟形土製品は、津軽海峡を挟んだ交流が窺えます。

○道指定史跡　恵山貝塚
縄文時代に続く続縄文時代前半（約2,000年前）の大規模遺跡で、「恵山式土器」の標準遺跡です。昭和30年代に市立函館博物館による発掘調査が行われ、遺跡の概要が知られるようになりました。また、平成15・16年度には北海道による重要遺跡発掘調査が行われ、貝塚やお墓などが良好な状態で保存されていることが判明しています。

○国指定史跡　大船遺跡
縄文時代中期（約5,000～4,000年前）の大規模集落跡です、約100軒の竪穴住居跡が発見されています。平成13年に国の史跡に指定されました。住居跡の規模が極めて大きいことと、集落の密度が非常に高いことが指摘されています。一般的な竪穴住居跡は、深さ0.5ｍ、長さ4～5ｍ程の大きさですが、大船遺跡では、深さ2.4ｍ、長さ8～11ｍの大型のものが発掘されています。住居跡の規模から、安定した縄文の生活が窺えます。

○国指定史跡　垣ノ島遺跡
縄文時代早期前半から後期後半（約 9,000 ～ 3,200 年前）の長期間にわたる集落遺跡で、平成23年に国の史跡に指定されました。　縄文各時期を通じて周辺地域における拠点集落と考えられ、早期後半の集団墓地からは副葬された１７点の足形付土版や、後期後半には住居の廃棄儀礼に用いられたとみられる朱漆塗り注口土器や香炉形土器など、当時の精神文化を示す遺物が数多く出土しています。　特に中期末葉から後期初頭にかけて構築された国内最大級の「コ」字形を呈した盛土遺構は、現在でも視覚的に確認ができる希有な遺構です。

○著保内野遺跡
縄文時代後期後半の遺跡で、昭和50年に地元の主婦が農作業中に中空土偶を偶然発見しました。 土偶は昭和54年の重要文化財指定を経て、平成19年に国宝に指定されました。 遺跡は、平成18年度に確認調査を実施し、小規模な環状列石を中心に集団墓地が形成されていることが確認され、土偶はこれらの墓の一つに副葬されていたと考えられます。